Dado la falta de estudios extensivos y regulares sobre los posibles efectos negativos para la salud humana, se podría caer en una subestimación de las consecuencias que los OGM podrían causar sobre el hombre y otros animales, especialmente cuando los mismos (como la soja, el maíz, etc) entran en la cadena alimenticia. Hasta el momento sería el único riesgo cierto y probado es el de posibles efectos alergénicos.
Algunos de los potenciales riesgos podrían ser:
- Incremento de la contaminación en los alimentos por un mayor uso de productos químicos.
- Aparición de nuevos tóxicos en los alimentos (por ej. debidos a los cultivos Bt).
- Aparición de nuevas alergias por la introducción de nuevas proteínas en los alimentos. Inactivación de sustancias nutritivas valiosas en los alimentos.
- Resistencia de las bacterias patógenas para el hombre a los antibióticos y reducción de la eficacia de estos medicamentos para combatir las enfermedades humanas. Herbicidas como el Bromoxynil puede llegar a causar cáncer en humanos. Debido a que este producto es absorbido por vía dermatológica, es probable que presente riesgos a los agricultores.

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